Церква Святого Духа була збудована як дерев’яний храм у 1735-1740 рр. за сприянням дружини кам’янецького каштеляна і власника Богородчан Станіслава Костки Коссаковського Катерини Коссаковської. Власниця Богородчан своїм листом від 15 березня 1715 р. дозволила львівському і галицькому єпископові та унівському архімандриту Варлаамові Шептицькому закріпити за богородчанською церквою земельний маєток. Згідно із грамотою, написаною О. Потоцьким у богородчанському замку 21 червня 1716 р., було надане місце для резиденції пароху і декану Василеві Білявському.
Спочатку церква знаходилася на місці теперішньої цегляної каплички, навпроти господарства Й. Чоп’яка – вул. Крута 1. При храмі заснували братство, школу та будинок для старих. Після пожежі 1779 р. громада збудувала другу церкву, антураж якої нагадував горішню церкву в с. Ляхівці (тепер Підгір’я), перейменовану на церкву Пресвятої Трійці. 21 серпня 1782 р. її освятив львівський єпископ Петро Білянський. Церква була розміщена на місці кургану борцям за волю України, біля будинку суду. Вона мала ґонтову покрівлю, один великий і чотири маленькі куполи, була обшита дошками. Праворуч від церкви стояла дерев’яна триярусна дзвіниця із п’ятьма дзвонами. У червні 1869 року велика пожежа, що спалила півміста, знищила і всі метричні книги. Тому метрику церква мала тільки в описі від 1835 р. У 1875 р. збудовано новий дерев’яний парафіяльний будинок. Парохами цієї церкви були Іван Гадзинський (1835-1840), Теофан Глинський (1841-1850), Спиридон Мартинків (1850-1852), Йосиф Ганкевич (1852-1859), Стефан Валявський (1859-1876), Кирило Пачовський (1876-1892), Ілля Пиндус, Антоній Рудницький (1902-1925), Константин Білинський (1926-1935), Зеновій Кисілевський (1935-1955).
У Церкві Святого Духа зберігався Богородчанський іконостас, виконаний у 1698-1705 рр. монахами-іконописцями на чолі з ченцем Білостоцького православного монастиря Йовом Кондзелевичем для Хрестовоздвиженської церкви Манявського Скиту. У 1785 р. іконостас із ліквідованого австрійською владою Манявського Скиту перенесли до церкви Святого Духа. У 1880 р. її як пам’ятку іконопису відкрив спольщений археолог українського походження Войцех Дідушицький. У 1894 р. відбулася невдала спроба вивезення іконостаса парохом церкви Святого Духа Кирилом Пачовським на виставку у Львові через протести богородчанців. У 1916 р., під час Першої світової війни, іконостас за допомогою місцевих жителів був вивезений до Кракова, а звідти – до Відня.
У 1916 р. церква Пресвятої Трійці була зруйнована, тому в 1917 р. жителі Богородчан встановили на її місці невеличку каплицю, що під час воєнних дій була збудована австрійськими військами в лісі біля села Глибоке. Згідно з даними спогадів капличку продали в гори у 1936 р., однак існують фото церкви з 1938 р. Генрика Поддембського, які спростовують інформацію розбирання храму принаймні в цей період.
